Skatteaftalen er først og fremmest blevet til efter incitament fra borgmestrene i de sydsvenske kommuner. De har været utilfredse med, at personer med bopæl i Sverige og arbejde i Danmark har betalt den fulde indkomstskat i Danmark, samtidig med at de har trukket på de sociale ydelser i Sverige.
 
Derfor indføres der en udligningsordning, hvorefter der bliver udvekslet et beløb svarende til den gennemsnitlige primærkommuneskat for de privat ansatte. Det betyder, at et beløb svarende til ca. 32% af den skat, en person bosat i Sverige betaler ved arbejde i Danmark, sendes til Sverige.

  Det har hidtil været et væsentligt problem, at for eksempel personer med bopæl i Sverige og arbejde i Danmark ikke har kunnet opretholde en svensk arbejdsgiveradministreret pensionsordning samt få foretaget indbetalinger på deres svenske arbejdsmarkedspensioner (ITP). Det skyldes, at Danmark, som de fleste andre lande, som udgangspunkt ikke anerkender pensions- og forsikringsordninger oprettet i udlandet.
Sverige har principielt den samme holdning, men Riksskatteverket har dog på opfordring af KPMG Skat & KPMG Øresundsgruppe i flere bindende forhåndsbeskeder godkendt danske ratepensioner og -forsikringer.
 
Ifølge skatteaftalen vil Sverige og Danmark fremover anerkende hinandens pensionsordninger med den konsekvens, at ”grænsegængere” vil kunne vælge, om de vil fortsætte indbetalingerne på en pensionsordning i bopælslandet eller på en ny ordning i arbejdslandet.
 
Tilsvarende anerkendelse vil ske for personer, som flytter fra for eksempel Danmark til Sverige, og som ønsker at fortsætte indbetalingerne på den eksisterende ordning i det hidtidige bopælsland i Danmark.

Fradraget for passage af Storebæltsforbindelsen blev gjort permanent ved lov nr. 1056 af 17. december 2002, og det var ventet, at der ved samme lejlighed blev indført et lignende fradrag for passage af Øresundsforbindelsen.
 
Det fremgik imidlertid af det oprindelige lovforslag, at fradrag for passage af Øresundsforbindelsen ville afvente en samlet skatteaftale for grænsegængerne.
 
Nærværende skatteaftale indeholder derfor også en forpligtelse for de to lande til at give fradrag for broafgiften på Øresundsforbindelsen. Ifølge de foreliggende oplysninger vil størrelsen af fradraget blive fastsat med udgangspunkt i billigste periodeabonnement for henholdsvis bil og tog. 

Efter dobbeltbeskatningsaftalens almindelige principper for fordeling af beskatningsretten til lønindtægt - har en person med bopæl i Sverige og arbejde i Danmark for en herværende arbejdsgiver hidtil skullet beskattes i Danmark af den hertil svarende lønindtægt og i Sverige af den del af lønindtægten, som kunne henføres til arbejdsophold i Sverige eller i tredjelande.
 
En sådan fordeling af beskatningsretten har på den ene side i nogle situationer været økonomisk fordelagtig, men har samtidig medført en del administration i form af to sæt forskudsopgørelser og selvangivelser.
 
Med henblik på at eliminere det administrative besvær, en sådan fordeling af beskatningsretten medfører, vil arbejdsgiverlandet (forudsat, der kun er én arbejdsgiver) få beskatningsretten til hele lønindtægten.